Το έργο του Πατριάρχη Νικηφόρου υπήρξε ευρύ και σπουδαίο. Και για αυτό τον λόγο, όταν η ευσεβής αυτοκράτειρα Θεοδώρα και ο υιός της, Μιχαήλ, περίτρανα διακήρυξαν την τιμή και προσκύνηση των Ιερών Εικόνων, η Ορθόδοξη Εκκλησία κατέταξε ομοφώνως τον Πατριάρχη Νικηφόρο στην χορεία των αγίων.
Ο πατριάρχης Μεθόδιος για να τιμήσει τον μέγα αγωνιστή της Ορθοδοξίας, αποφάσισε να επιστρέψει το άγιο λείψανο στη Βασιλεύουσα. Όταν ο τάφος ανοίχθηκε, 19 έτη μετά, το σώμα του Aγίου ήταν απαράλλαχτο και άθικτο. Πλήθος κόσμου υποδέχθηκε με σεβασμό το σεπτό σκήνωμα και το μετέφεραν στον Ιερό Ναό των Αγίων Αποστόλων, όπου και αποτέθηκε στις 13 Μαρτίου του 846 μ.Χ.