Μετά την κοίμηση του Πατριάρχη, αν και η 7η Οικουμενική Σύνοδος έδωσε λύση στην εικονομαχία, ο αυτοκράτορας Λέων ο Ε’, επαναλαμβάνει τις δοξασίες των αιρετικών εικονομάχων, συνεχίζοντας τον διωγμό. Έτσι ο Θεοφύλακτος, μαζί με άλλους ιεράρχες και επιφανείς εκκλησιαστικούς άνδρες, κατεβαίνουν στην βασιλεύουσα και ελέγχουν τον ασεβή αυτοκράτορα. Αυτός όμως εξοργισμένος και πορωμένος, εξορίζει τους άνδρες αυτούς. Ο Θεοφύλακτος καταλήγει στον Στρόβιλο, το μέρος όπου θα ζήσει για τα τελευταία χρόνια της ζωής του, μέχρι την οσιακή του κοίμηση το 840 μ.Χ.